Le Conseil prend toutes décisions et mesures sur toutes les matières se rattachant à l'objet du Syndicat. Il prépare les travaux, propositions, ordres du jour, à soumettre à l'Assemblée générale.
L'UNETP est représentée dans chaque académie par un délégué régional, un (ou plusieurs) délégué régional adjoint (délégué départemental) et un correspondant régional formation. La délégation régionale représente tous les chefs d'établissement UNETP de l'académie et représente régionalement l'Union.