Le Conseil prend toutes décisions et mesures sur toutes les matières se rattachant à l'objet du Syndicat. Il prépare les travaux, propositions, ordres du jour, à soumettre à l'Assemblée générale.
L'UNETP promeut la formation des enseignants, des formateurs et d'autres personnels des établissements membres, par l'activité de 3 Centres Nationaux de Formation situés à Lille, Lyon et Nantes.
L'UNETP est représentée dans chaque académie par un délégué régional, un (ou plusieurs) délégué régional adjoint (délégué départemental) et un correspondant régional formation. La délégation régionale représente tous les chefs d'établissement UNETP de l'académie et représente régionalement l'Union.